Среди представителей породы выделяют несколько типов собак, различающихся по внешнему виду. Различный экстерьер обусловлен тем, что собаки разводились в различных природно-географических условиях. Например, в степных регионах необходимым условием для пастушьей собаки являлся крупный размер и легкий костяк, недлинная шерсть. Это обуславливалось тем, что в условиях жары и длительных переходов собака только с такими внешними данными могла бы долгое время сохранять хорошую физическую форму и поддерживать свою работоспособность.
В горных же районах, для целей выпаса скота, требовались иные качества. Здесь не предполагались длительные переходы, так как рельеф местности сильно пересечен. Здесь хорошо чувствовали себя собаки, имеющие густой шерстяной покров, недлинные лапы, мощное телосложение.
Таким образом, за многие века существования породы в различных географических условиях, сформировались подтипы кавказской овчарки, характерные не только для какого-либо одного региона, но даже для конкретного поселения.
На территории Грузии были распространены собаки, которые обладали самым крупным телосложением и мощным скелетом. Окрас шерсти был преимущественно однотонный. В Азербайджане были описаны два поддипа кавказских овчарок. Собаки первого подтипа, распространенные в горных местностях, были похожи на грузинскую разновидность. Они также обладали длинной шерстью и массивным телосложением. Второй подвид использовался в условиях степей, поэтому шерсть этих собак была короче, морда имела более вытянутую форму, была более сухощава. Для обоих подтипов был характерен рыжей окрас, который больше практически нигде не встречался.
Кавказские овчарки, которые проживали в Армении, были несколько меньше грузинских и не имели такого же развитого скелета. Их формат приближался к квадрату. В данном подтипе преобладала серая или бурая масть, иногда встречались собаки, имеющие пятнистую или тигровую шерсть.
Для Дагестана, как и для Армении, характерны были собаки квадратного формата. Кавказские овчарки, распространенные на этой территории, имели массивно-грубое телосложение, средней длины шерстяной покров и правильной формы голову. В окрасе преобладала пестрота.
Кавказские овчарки, имеющие специфические внешние черты, проживали на территории Осетии, Чечни и в ряде других областей. Первая попытка классифицировать все подтипы данной породы приходится на первую половину 20 века. С этого же времени началась селекционная работа и попытки улучшения стандарта породы.
На сегодняшний день племенная работа с данной породой затруднена. Связано это с тем, что в местах исконного проживания кавказской овчарки ее численность постоянно падает. Представителей породы, имеющих отличные качества, встречаются все реже. Большинство собак имеют примесь других пород. Поэтому в ходе систематизации кавказских овчарок, проживающих на территориях Северной Осетии, Карачаево-Черкессии, Кабардино-Балкарии, на Ставрополье, в Пятигорске были выделены следующие такие типы, как: гергетский, гарбанский, казбекский, ахалцихский. Все представители этих поддипов обладают массивным телосложением, хорошей физической силой, смелостью и выносливостью. Они до сей поры сохраняют отличные пастушьи качества и неприхотливы.
Для гергетского типа характерен густой длинный шерстяной покров и пятнистый окрас. На шее шерсть белого цвета образует воротник, на лбу – белая проточина. Гарбанский тип отличается повышенной злобой и агрессивностью. Имеют укороченный череп и заметный перекус. Шерсть короткая, масть рыжая. Казбекский тип узнаваем по отличному экстерьеру, который достаточно гармоничен, без выраженной грубости. Собака имеет правильный прикус. Шерсть рыжего цвета, маска на морде отсутствует.
Ахалцихский тип кавказской овчарки был получен в результате смешения кровей гарбанского, гергетского и казбекского типов. Эти собаки имеют палевый, белый или бурый окрас.