Появление породы московская сторожевая связано в первую очередь с острой нехваткой сторожевых собак в послевоенное время. Для восстановления численности сторожевых собак был издан соответствующий приказ министерства обороны, в котором Центральной школе военного собаководства было предписано увеличить поголовье сторожевых собак. Для этих целей в конце сороковых годов двадцатого века в питомнике «Красная звезда», который находился в районе Новогиреево, в Подмосковье, началась селекционная работа. В скрещивании участвовали различные породы собак, которые имелись в наличии в питомнике. Многие породы были представлены всего лишь единичными экземплярами – что было также следствием военного времени. Работа велась в сложных условиях нехватки исследовательского материала. В скрещиваниях участвовало по нескольку пород собак.
Перед учеными-биологами стояла непростая задача выведения собаки с заданными качествами: большой размер, физическая мощь, подвижность, ярко выраженные караульные и сторожевые качества. Не малое внимание надо было уделить умственным способностям будущей породы, сделав ее хорошо обучаемой.
Целью ученых, при этом, было получение не только одной новой породы. Группа специалистов трудилась сразу над несколькими проектами – в планах было выведение собак таких пород как московская сторожевая, черный терьер, московский водолаз, московский дог. Именно в то время кинолог Центральной школы военного собаководства А.Мазовер, дал следующее определение деятельности питомника: «Выведение новой породы является трудным творческим делом, обычно посильным только квалифицированному коллективу. Оно требует глубокого знания исходных пород, умения создать отбор нужных животных, подбор пар, выбор и создание необходимых условий для воспитания и кормления помесей, а для собак также развитие необходимых инстинктов и навыков, с которыми связаны их использование».
Возвращаясь к истории происхождения породы московская сторожевая, следует отметить, что кинологи не сразу приняли решение по поводу внешнего вид собаки. В итоге был взят за основу облик сенбернара, который участвовал в селекционной работе вместе с русской пегой гончей и кавказской овчаркой.
Московская сторожевая является заводской породой. К середине пятидесятых годов двадцатого века, в результате совместной деятельности питомника «Красная звезда» и Московского городского клуба, было выведено уже более десяти представителей новой породы. К началу семидесятых годов порода начала свое восхождение к вершинам популярности. Продержался интерес к московской сторожевой около десяти лет, после чего, в восьмидесятых годах, интерес начал несколько снижаться. В это время начали меняться стандарты. Стали появляться собаки с более облегченным костяком, имеющие в облике черты гончих. Большое количество незапланированных щенков привело к тому, что во внешнем виде московских сторожевых стали слишком отчетливо проявляться черты исходных пород, что было не запланировано, так как изначально порода была заводская и строилась на основе строгого отбора.
Отсутствие строгого контроля в клубах привело к тому, что почти двадцатилетняя работа кинологов «Красной звезды» по выведению особенной породы с уникальными экстерьерными качествами, чуть было не пропали даром. Но на выставках все еще появлялись лучшие представители породы, поэтому положение московской сторожевой не было столь уж плачевным: в 1985 году порода была официально признана.
С момента утверждения породы «московская сторожевая» все эксперименты по прилитию новых кровей были запрещены к проведению в любых клубах и питомниках. В 1992 году появился первый проект стандарта – с этого времени начался новый этап развития породы. Автором стандарта выступил создатель московской сторожевой – питомник «Красная звезда». Стандартом было предписано, что сходство с исходными породами является существенным недостатком.
Московская сторожевая все-таки не стала породой «для всех» - выведение этой собаки не преследовало коммерческих целей. Именно поэтому сохранилась она до сегодняшнего дня только благодаря своим немногочисленным почитателям, которые являются энтузиастами своего дела.