Версий происхождения сенбернаров несколько. Есть две основные: первая, что сенбернар произошел от скрещивания мастиффа и дога, а вторая – от скрещивания дога и пиренейской овчарки. Есть и третья версия, которой придерживаются многие заводчики сенбернаров. По этой версии порода берет начало от тибетского дога. Изначально тибетский лог появился в Неаполе и Северной Индии, в последствие в областях вавилонско-ассирийской культуры. Потомки этой разновидности дога со временем изменялись и в итоге получилось две породы, которые являлись его потомками. Первый тип: более легкого сложения, с удлиненным черепом, светлого окраса, с легкими движениями. Он использовался как пастушья собака. Второй тип: более тяжелый, мощного сложения, с широкой головой и короткой мордой, темного окраса, использовался как караульная и боевая собака. Имеено этот тип собак и служил в армии Ксеркса.
После завоевания Александром Великим Азии оба типа собак попали в Грецию и Древний Рим. В Древнем Риме этих собак называли "молоссеры" и "аланские собаки". Первый вид молоссера быстро распространился на огромные территории, в том числе и в Швейцарию. От него впоследствии образовались многие современные пастушеские породы Центральной Европы. Второй тип, использовали римляне как боевую и караульную собаку. Именно потомками молосера второго типа можно назвать такие породы как: мастифф, неаполитанский мастино, испанский мастино, сенбернар и ряд других пород.
В Швейцарии легкая разновидность молосера быстро распространилась по территории страны. Зачастую этих собак использовали и в качестве сторожей. Вторая, более разновидность молоссера заинтересовала аристократов и монахов. Наиболее широкое распространение эти собаки получили в долинах Аосты (Италия) и Вале (Швейцария).
Человеком, который дал свое имя породе, был Бернард де Ментон, известный впоследствии как Святой Бернард. Бернард де Ментон сын не бедного барона Ричарда де Ментон из Савойи. После окончания учебы в Париже Бернард де Ментон начал изучать теологию. Вопреки воле отца, бежав в ночь перед свадьбой, он поступил в собор Св. Августина в Аосте как обыкновенный каноник. В 45 лет Бернард де Ментон становится проповедником и архидьяконом собора. Величайшим делом всей его жизни становится создание приюта для путников на перевале Монс Джовис. В разное время в приюте находились и жили до 70 монахов - членов ордена Св. Августина.
Первое свидетельство о появлении собак в приюте - картина неаполитанского художника XVII века Сальватора Росе. Она была написана в 1695 году и изображала двух собак с типичной "приютской" головой. Первое документальное упоминание о собаках было зарегистрировано в 1707 году. В приюте стали выводить породу с рабочими качествами, необходимыми для спасения людей. Пик в разведении этих собак в приюте приходится на конец XVII - начало XIX веков, когда каждая собака обладала исключительными способностями. В эти же времена складывается тот тип сенбернаров, который теперь называется "приютским", "монастырским". К нему теперь стремится большинство разведенцев сенбернаров в мире, признавая его за наиболее целесообразный, но правда, предъявляя требования большей рослости, мощи и выразительности головы, чем на рубеже XVII-XIX веков. В приюте и была замечена способность сенбернара чувствовать человека во время снежной бури за 300-400 метров, а также, что очень важно в горных условиях, чувство лавины. Сенбернары остро чувствуют момент схода лавины, что позволяло им спасать людей, уводя их за несколько мгновений до опасной секунды.
Сенбернары отличаются огромным терпение и выносливостью. В условиях перевала, когда температура поднимается выше нуля всего на 2-3 месяца, сенбернары могут часами находиться на сильном морозе и даже свирепые бури не доставляют им беспокойства. Со временем обнаружились и прекрасные сторожевые качества сенбернаров. Но сенбернар, скорее, сторож от ума, а не от дрессировки. Отличительной чертой этой породы является ум. Именно на уме основано большинство его спасаний, именно за ум его уважают огромной количество разведенцев и обычных любителей собак, именно благодаря уму ему можно доверять в самых трудных ситуациях. Иногда кажется, что рядом человек в обличии сенбернара. Но правильнее будет предположить, что ум сенбернара развился за века спасательной службы и общения с людьми в труднейших условиях. В результате по уму он ближе других пород приблизился к человеку, доказательством чего служат его поступки, в которых кроме гордости и самостоятельности чувствуются человеческое мышление и логика.
Частое движение через перевал купцов, путников и паломников требовало громадных усилий для организации спасательных работ. Гибло много монахов и сенбернаров, но все равно находились люди, готовые выполнять эту работу. Оченьь много собак погибло в конце 19 века. Но самое катастрофическое положение образовалось в 1830 году, когда погибли большинство собак и щенков приюта погибло на спасательных работах и из-за чрезвычайно холодной зимы.
Порода оказалась на грани вымирания, в связи с этим была предпринята попытка скрещивания сенбернара с ньюфаундлендом, для чего в приют были привезены 2 кобеля - ньюфаундленда. Так и появилась длинношерстная разновидность сенбернара, но эти собаки оказались не пригодными для службы спасателей: шерсть после пребывания на морозе набивалась снегом и смерзалась. Это мешало собакам двигаться. Монахи стали продавать длинношерстных собак и их разведение стали продолжать только в долинах. Короткошерстных сенбернаров оставляли в приюте для спасательных работ и последующего разведения.
После появления длинношерстной разновидности число сенбернаров стало резко увеличиваться. Многих разведенцев длинношерстные собаки заинтересовали своей эффектностью. В короткий срок эти сенбернары распространились по всему миру. Короткошерстные сенбернары на некоторое время остались "в тени". Потребовались десятилетия работы, прежде чем разведенцы поняли, что только параллельное разведение короткошерстных и длинношерстных сенбернаров позволит не только сохранить, но и улучшить породу, что и подтверждается в настоящее время.