Видовой состав микрофлоры кала обычно устанавливают при проведении бактериологического исследования. При общеклиническом исследовании в фекалиях можно определить приблизительные количественные показатели микрофлоры и соотношение палочек и кокковых форм бактерий. У здоровых животных в кале находиться 65-75% палочек и 25-35% кокковой флоры. Различного рода отклонения от нормы характеризуют дисбактериоз и его степень.
Кроме того, в свежем препарате, окрашенном раствором Люголя, можно обнаружить йодофильную микрофлору, окрашенную в синий, фиолетовый или чёрный цвет, а дрожжевые грибы - в желтый или желто-коричневый цвет. Большое количество йодофильной флоры в кале обнаруживаются при усиленных процессах брожения в кишечнике, ускоренной перистальтике, при недостаточном усвоении углеводов.
Большое количество дрожжевых клеток наблюдается при кандидозе кишечника, однако для его диагностики необходимы дополнительные исследования.