Применяют рибоксин для комплексной терапии ишемической болезни сердца, перенесенного инфаркта миокарда, миокардиодистрофии (снижения функциональной способности сердечной мышцы), нарушениях ритма, связанных с применением сердечных гликозидов. Назначают также при заболеваниях печени (гепатиты, цирроз) и для лечения урокопропорфирии (нарушения обмена порфиринов). Имеются также данные об улучшении под влиянием рибоксина зрительных функций у больных глаукомой (открытоугольная форма с нормализованным под влиянием гипотензивной терапии внутриглазным давлением). Эффект, по-видимому, связан с антигипоксическим (повышающим устойчивость ткани к нехватке кислорода) действием препарата.